Użycie narzędzi takich jak Ant czy Maven w dużych projektach jest chyba nieodzowne. Nikt nie będzie klepał kilometrów ścieżek by podlinkować wszystkie biblioteki, wygenerować JavaDoc czy też uruchomić testy JUnitowe. Oczywiście można spróbować napisać skrypt bash, który będzie to robił. Jednak należy wziąć pod uwagę fakt iż taki skrypt będzie trudno konfigurować lub przystosować do nowego projektu.
Ja używam mavena2, bo jakoś tak się złożyło że w firmie też go używam. W trakcie walki z nim największym problemem okazało się generowanie dokumentacji w języku Polskim. Szczególny problem stanowi kodowanie. Możemy to rozwiązać poprzez nakazanie mavenowi tworzenia dokumentacji w UTF-8.
Na początek należy uzbroić się w plugin mavenowy do tworzenia javadoców w pom.xml:

<plugin>
      <artifactId>maven-javadoc-plugin</artifactId>
      <configuration>
          <charset>UTF-8</charset>
      </configuration>
</plugin>

a następnie wywołać w lini poleceń:

$ mvn javadoc:javadoc

lub

$ mvn javadoc:jar